در آن کتاب از بصائر الدرجات از ابن معروف از سعدان از صبـاح مزنی از حـارث بن حصـیر از حبـۀ عرنی نقـل است که: امام علی علیه السلام فرمود: خداونـد متعال ولایت مرا بر آسـمانیان و زمینیان عرضه کرد، هر کس ولایت مرا پـذیرفت، پـذیرفته و هر کس آن را نپـذیرفت گرفتار شد، یونس انکار کرد در شـکم نهنگ زنـدانی شد تا بدان اقرار کرد.
در آن کتاب از مناقب از ثمالی نقل کرده: عبداالله بن عمر بر امام زین العابدین علیه السلام وارد شد و گفت: اي پسـر حسـین! تو میگویی یونس بن مـتی از آنجهت گرفتـار نهنـگ شـد که ولاـیت جـدم علی را به او ارائه کردنـد او از پـذیرفتن آن خودداري کرد حضـرت فرمود: بلی مادرت به عزایت بنشـیند، گفت: اگر راست میگویی ثابت کن، حضـرت دسـتور داد چشـم او و چشم مرا بسـتند پس از لحظـاتی دسـتور داد چشم مـا را بـاز کننـد دیـدم در ساحـل دریـایی هسـتیم که موجهـاي بلنـد دارد، ابنعمر گفت: اي مولاـي من خون من بگردن تو، قسم به خـدا که جـان مرا حفظ کن، حضـرت فرمود: اگر در گفتـارت صـادقی برو ببین، سـپس صـدا زد اي نهنـگ، نهنگی ماننـد کوه بزرگی سـر خود را از دریا بیرون آورد و میگفت: لبیک لبیک اي ولی خدا، حضرت فرمود: تو که هستی؟ گفت: مولاي من، من نهنگ یونس هستم، حضرت فرمود: جریان آن را به ما خبر بـده. گفت: مولاي من، خداوند هیچ پیامبري را از آدم علیه السلام تا جدتان حضـرت محمد صـلی االله علیه و آله مبعوث نکرده مگر آنکه ولایت شما اهل بیت را بر او عرضه نموده، هر کدام از انبیاء پذیرفتند سالم شده و نجات یافتند و هر کدام مکث کردند گرفتار شدنـد ماننـد گرفتـاري آدم، طوفان و گرفتاري نوح، آتش ابراهیم، زنـدان یوسف، بلاي ایوب، اشـتباهات داود تا رسـید به حضـرت یـونس علیه السلام که خداونـد به او وحی نمـود که اي یـونس پیرو علی و ائمه از ذریه او بـاش گفت: خـدایا کسـی را که ندیـده و نشـناخته ام چگونه پیروي کنم؟ خداوند به من امر فرمود او را ببلعم اما او را ضـعیف نکنم (استخوانهایش را ضعیف نکنم) چهل روز در شـکم من ماند با من دریا را میگشت و تاریکیهاي سه گانه را همراه من رفت و ندا میداد: لا اله الا انت سبحانک انی کنت من الظـالمین ولایت علی و ائمه از اولاد او پـذیرفتم، آنگاه که بولایت آنها ایمان آورد خداونـد به من امر نمود او در ساحل دریا بیرون بیندازم، امام زین العابدین علیه السلام فرمود: اي نهنگ برگرد به مکان خودت، و آب دریا آرام شد.
علی بن ابراهیم (ره) در تفسـیر خود از قول خـدا که میفرمایـد (فلولاـ کـانت قریـۀ) الی آخر آیه، از پـدرش از فرزنـد ابیعمیره از جمیل از امام صادق علیه السلام فرمود: علت اینکه خداوند متعال عذاب و بلا را از قوم یونس علیه السلام برگرداند، این بود که: یونس علیه السلام هر چه مردم را به سوي خدا دعوت کرد آنها از پذیرفتنش خودداري کردند حضـرت یونس علیه السلام هم بر آنها نفرین کرد، در میان آن قوم دو نفر بودنـد که یکی عـالم و دیگري عابـد بود اسم یکی ملیخـا و دیگري روبیل بود، عابـد یونس را به نفرین مردم تشویق میکرد امـا آن عالم او را از نفرین مردم منصـرف میکرد و میگفت: به آنها نفرین نکن خداونـد دعاي تو را اسـتجابت میکنـد اما هلاکت بنـدگانش را دوست نـدارد، یونس هم، توصـیه هاي عابـد را قبول کرد نه توصـیه هاي عالم را و بر آنها نفرین کرد، خـداوند متعال وحی فرستاد در سال چنین و روز چنان عذاب نازل خواهد شد. وقتی زمان نزول عذاب فرا رسید یونس علیه السلام همراه عابد از میان قومش خارج شـد اما عالم مانـد روز عـذاب که رسـید عالم به آنها گفت: اي مردم به درگاه خـدا ناله کنیـد تا به شـما رحم کرده و عذاب خود را از شـما برگرداند، گفتند: چگونه به درگاه خدا ناله کنیم؟ گفت: از شهر خارج شوید مردها و زنها و فرزندان از یکـدیگر جـدا شوند مادرها از فرزندانشان، شترها از بچه هایشان، گوسـفندان از بره هایشان و… جدا شوند سـپس دعا کنید و گریه کنید و این کار را کردند و ضـجه زدند و ناله کردند و خداوند نیز بر آنها رحم نمود و عذاب را از آنها دور کرد و عذاب را به کوه منتقـل کرد، یونس علیه السلام به نزدیکی اهـالی آمـد تـا مطلع شود بر سـرشان چه آمـده؟ کشـاورزان را دیـد در زمین زراعی کـار میکنند، از آنها پرسید قوم یونس چه شدند؟ گفتند (در حالیکه حضرت یونس را نمیشناختند) یونس بر آنها نفرین کرد و خداوند هم دعاي او را مسـتجاب کرد و بر آنها عذاب فرستاد، آنها هم جمع شدند و بدرگاه خدا گریه کردند و خدا هم به آنها رحم کرد و عـذاب خود را از آنهـا برگردانـد و آنرا به سوي کوه فرسـتاد و اکنون دنبال حضـرت یونس میگردنـد تا به او ایمان آورنـد، یونس ناراحت شـد و به طرف دریـا رفت یـک کشتی مملو از مسـافر در آنجـا بود میخواسـتند از ساحـل دور شونـد یونس علیه السلام از آنها خواست او را با خود ببرنـد او را سوار کردند همینکه به وسط دریا رسـیدند خداوند نهنگ بزرگی را بر سـر آنها فرسـتاد و راه را بر آنهـا بست یونس نگـاهی به نهنگ کرد و ترسـید و به سـمت عقب کشتی آمـد نهنگ نیز به سـمت عقب آمـد و دهانش را باز کرد اهل کشتی گفتنـد: یک نفر از ما خلافی مرتکب شـده بایـد قرعه بینـدازیم قرعه به نام یونس درآمـد که خداوند میفرمایـد »فسـاهم فکـان من المدحصـنین« حضـرت یونس را به دریـا انداختنـد و آن نهنگ او را بلعیـد و در آب فرورفت. یکی از یهودیان از امام علی علیه السلام پرسـید: آن کـدام زنـدان بود که با زنـدانیش دور زمین را میگشت؟ حضـرت فرمود: زندانی که با زندانیش دور زمین را گشت، نهنگی بود که حضـرت یونس را در شکمش داشت که در دریاي قلزم فرورفت و تا دریاي مصر پیش رفت و از آنجـا وارد دریاي طبرسـتان شـد و سـپس از دجله و غوراء خارج شـد فرمود: سـپس به زیر زمین رفت تا به قارون رسـید و قارون در ایام حضـرت موسـی علیه السلام هلاك شـده و ملکی مأمور شده بود او را هر روز به اندازه بلندي قد یک نفر داخل زمین فروبرد، یونس در شکم ماهی خدا را تسبیح میگفت و طلب مغفرت میکرد قارون صداي یونس را شنید و به ملک موکلش گفت: گـذار ببینم گویا صـداي آدمی را میشـنوم، از خداوند به آن ملک دسـتور داده شد اجازه بدهد تا آن صاحب صدا را ببیند، قارون گفت: تو که هستی؟ گفت: من یونس بن متی گناهکـار و خطا کارم، گفت: آن موسائی که براي خـدا خیلی خشـمگین میشـد چه شد؟ گفت: از دنیا رفت، گفت: خدایی که مهربان و بخشـنده بود با قوم هارون بن عمران چه کرد؟ گفت: از دنیا بردشان، گفت: از کلثوم دختر عمران که نامزد من بود چه شـد؟ گفت: هیهات از آل عمران کسـی باقی نمانده، گفت وا اسفا بر عمران پس خدا را شـکر نمود خداوند به خاطر شـکرش به ملک مأمور امر کرد در ایام دنیا عذاب را از او بردارد، وقتی یونس این قضیه را دید در آن ظلمات ندا داد: (لا اله الا انت سـبحانک انی کنت من الظالمین) خداوند این اظهار پشیمانی او را پذیرفت و نهنگ را امر کرد او را در ساحل بیرون بیندازد، پوست و گوشـتش از بین رفته بود خداوند بوته اي (کدو) براي او رویاند تا در مقابل آفتاب براي او سایه بینـدازد پس زیر آن بوته سـکونت کرد پس از مـدتی به اراده خـدا آن بوته خشک شـد و آفتاب بر بدن یونس تابید و او از تـابش آفتـاب نـاراحت میشـد، خداونـد به او وحی کرد چرا به صـد هزار یـا بیشتر از مردم رحم نکردي در حالیکه از ناراحتی چند لحظه به جزع افتادي، گفت: پروردگارا از تو طلب بخشـش دارم خداونـد توانایی و طبیعت بـدنش را به او برگرداند و او نزد قومش بازگشت، آنها هم به او ایمان آوردنـد که خداونـد میفرمایـد: (فلولا کانت قریـۀ آمنت فنفعها ایمانها الا قوم یونس لما آمنوا کشـفنا عنهم عـذاب الخزي فی الحیاة الـدنیا و متعناهم الی حین). عـده اي گفته اند: یونس در شـکم ماهی نه ساعت مانـد، خداوند به پیامبر صلی االله علیه و آله فرمود (و لو شـاء ربـک لآـمن من فی الارض کلهم جمیعا أفانت تکره الناس حتی یکونوا مؤمنین) یعنی اگر خـدا میخواست بطور جبر همه را مؤمن کنـد میتوانست.
در مجمع البیان از قول عبیـدالله بن مسـعود نقل میکنـد: آن نهنگ را، نهنگ دیگري بلعید و به قعر دریا فرو رفت و چهل شب در شکم آن نهنگ بود و یونس در آن تاریکی ندا داد (لا اله الاـ انت سـبحانک انی کنت من الظـالمین) خداونـد توبه یونس را پـذیرفت و به آن نهنـگ امر کرد او را در کنار ساحل بینـدازد در حالیکه همانند یک جوجه ضعیف بود خداوند درختی از کدو براي او رویاند تا بر او سایه بیندازد و یک بز کوهی هم مأمور کرد تا با شیرش او را غذا بدهد، پس از مدتی آن درخت خشک شد یونس براي آن غمگین شد، ندا آمد: براي خشک شدن یک درخت غمگین میشوي اما براي نابودي بیش از صـد هزار نفر غمگین نمیشوي و میخواستی آنها از بین برونـد؟ برخی گفته اند: خـداوند حضـرت یونس را پس از این ماجرا براي هـدایت قوم دیگري مبعوث نمود.
در روایت ابیالجـارود از امام باقر علیه السلام آمـده حضـرت فرمود: یونس در شکم ماهی سه روز باقی ماند، در سه ظلمات، در تاریکی شـکم ماهی و تاریکی زیر آب دریا و تاریکی شب آنگاه ندا سـر داد: (لا اله الا انت سبحانک انی کنت من الظالمین) خداوند توبه او را پذیرفت و نهنگ او در ساحل بیرون انداخت، خداوند بوته اي از کدو تنبـل براي او بوجـود آورد، یـونس هم از میـوه ي آن میخـورد و در سـایه آن از سـرما و گرمـا در امـان بـود زیرا که پوسـتش نازك و موهایش ریخته شـده بود، حضـرت یونس شب و روز در ذکر و مناجات خـدا بود وقتی پوست بدنش محکم شـد خداونـد کرمی را وادار نمـود ریشـه آن بـوته را بخـورد لـذا آن بـوته پژمرده و خشـک شـد، ایـن موضـوع براي او ســخت بـود لـذا انـدوهناك شـد، از سـوي خداونـد نـدا آمـد: اي یـونس چه بـاعث حزن تـو گشـته؟ گفت: پروردگـارا این بوته اي که نفعش به من میرسـید، کرمی را بر او مسلط کردي خشک شده، ندا آمد: از خشک شدن درختی محزون شده اي که نه آن را کاشته اي و نه آب داده اي و به آن هـچ کمکی نکرده اي و آن هم وقتی خشک شـد که تو دیگر نیازي به آن نداشتی، چگونه براي مردم شـهر که بیش از صـد هزار نفر بودند عذاب خواستی و بر عذاب محزون نشدي؟ و حال اهل شـهر ایمان آورده و اهل تقوي شده اند به سوي ایشان برگرد، یونس به سوي قومش برگشت اما خجالت میکشـید وارد شهر بشود، به چوپانی که در آن محل بود گفت: برو به مردم بگو یـونس میآیـد چوپـان گفت: دروغ میگـویی خجـالت هم نمیکشـی، یـونس در دریـا غرق شـد و رفت، یونس گفت: خـدایا این گوسـفند به او شـهادت بدهـد که من یونس هسـتم، گوسـفندي از آن میان به قـدرت خدا به سـخن آمد و گفت: آري این شـخص یـونس اسـت، وقـتی چوپـان آمـد بـه مردم خـبر داد مردم به او حمله کرده و خواسـتند او را بزننـد گفت: دلیـل دارم، گفتنـد: دلیلت چیست؟ گفت این گوسـفند گواهی میدهـد، گوسـفند گفت: او راست میگویـد خداونـد یونس را به قومش برگردانـده، مردم نیز باسـتقبال یونس از شـهر خارج شدند و او را شناخته و به او ایمان آوردند و خیلی هم در ایمانشان جدي بودند، خداوند هم تا هنگام مرگ آنهـا را از دنیا بهرهمنـد نمود و از عـذاب نجاتشان داد.
در بحار از صاحب کتاب کامل نقل شده: از آن درخت براي حضرت یونس شیر میچکید. در آن کتاب از ابیعبیده نقل است که: از امام باقر علیه السلام پرسیدم یونس چه مدت از قومش غـایب شـد تـا دوبـاره برگشت و قومش به او ایمـان آورده و تصـدیقش کردنـد؟ فرمود: چهـار هفته، یک هفته به دریا رفتنش طول کشـید و یـک هفته برگشـتن نزد قومش،… گفتم: این هفته هـا چه بود ماه یا هفته یا روز یا ساعت حضـرت فرمود: اي اباعبیـده، روز چهارشنبه نیمه شوال عذاب نازل شد و همان روز برطرف شد، یونس خشمگین شد و روز پنج شنبه رفت هفت روز طول کشید تا به دریا برسـد، و هفت روز در شـکم نهنگ مانـد و هفت روز در ساحل زیر درخت تا پوست بدنش سـفت شود، و هفت روز هم طول کشـید تـا بـه قـومش برسـد پس رفت و برگشـتنش بیست و هشت روز شـد سـپس آمـد و مردم هم به او ایمـان آورده و از او تبعیت کردند. و براي همین هم خداونـد متعـال فرمود: (فلولا کانت قریـۀ آمنت فنفعها ایمانها الا قوم یونس لما آمنوا کشـفنا عنهم عذاب الخزي).
شیخ طوسی (ره) در مصباح فرموده: روز نهم محرم خداوند یونس را از شکم ماهی بیرون آورد. مرحوم علامه مجلسـی میفرماید: اختلافی که در مورد مدت ماندن حضـرت یونس در شکم ماهی در روایات وجود دارد حلش مشکل است مگر اینکه بعضی از آن روایات را حمل به تقیه کنیم.